#

BTA

Position

 

Gene expression

Mammary-

Cluster

Gene identifier

Co-localized bovine QTL6

 

Mbp

Mammary

 

GeneAtlas2

specific expression3

expression profile4

Human

Cattle

QTL viewer

QTL Map7

1

1

3-6

93146_at

CLDN8

***

1,1,2,1

NM_199328

5387615

 

 

2

(103)

10-11

96146_at

BTG3

*

1,1,2,1

NM_006806

541054

 

3

 

25

96953_at

CXCL14

 

1,1,1,2

NM_004887

511771

 

 

4

 

43

93592_at

APOD

 

1,1,1,2

NM_001647

613972

 

5

 

51

94431_at

ST6GAL1

 

1,1,2,1

NM_173216

282073

BTA 1

 

6

 

51-57

93949_at

GNB4

 

1,1,2,1

NM_021629

5259625

 

7

 

74

95708_at

SERP1

*

1,1,2,1

NM_014445

528100

 

 

8

 

76

92851_at

CP

**

1,1,1,2

NM_000096

514194

 

9

 

81

104716_at

RBP1

 

1,2,1,1

NM_002899

537379

 

 

10

 

82

161075_at

FAM62C

 

0,1,2,1

NM_031913

526280

 

11

 

93

92637_at

PFKL

 

1,1,2,1

NM_001002021

508683

 

 

12

2

5

104386_f_at

ITGAV

 

0,1,2,1

NM_002210

281875

 

13

(87)

26

104257_g_at

PSCDBP

***

1,2,2,1

NM_004288

540450

 

14

 

69

100600_at

CD24

*

1,2,2,1

NM_013230

NW_930970

BTA 2

 

15

 

75

94214_at

FABP3

***

1,2,2,1

NM_004102

281758

 

16

 

79

97909_at

STMN1

 

1,2,1,1

NM_005563

616317

 

 

17

3

3

94367_at

UCK2

 

1,2,2,1

NM_012474

541028

 

 

18

(85)

4

99481_at

ATP1A2

 

2,1,0,1

NM_000702

515161

 

19

 

4

102426_at

CASQ1

 

2,1,0,1

NM_001231

508394

 

 

20

 

9

102918_at

MUC1

**

0,1,2,1

NM_002456

281333

 

 

21

 

9

97269_f_at

KRTCAP2

 

0,1,2,1

NM_173852

540389

 

 

22

 

9

99098_at

FDPS

 

1,1,2,1

NM_002004

281156

 

23

 

9

102960_at

RAG1AP1

*

1,1,2,1

NM_018845

520463

 

 

24

 

10

101061_at

SSR2

*

1,2,2,1

NM_003145

506530

BTA 3

 

25

 

11

100127_at

CRABP2

*

1,2,1,1

NM_001878

493998

 

 

26

 

16

98543_at

CTSS

 

1,1,1,2

NM_004079

327711

 

27

 

22

104477_at

FAM46C

 

0,1,2,1

NM_017709

517961

 

 

28

 

35

103421_at

FRRS1

 

0,1,2,1

NM_001013660

5165225

 

 

29

 

42-45

161677_r_at

GBP6

 

1,1,2,1

NM_198460

5136595

 

 

30

 

47

103389_at

AASS

**

0,1,2,1

NM_005763

520865

 

31

 

71

95642_at

ELOVL1

*

1,2,2,1

NM_022821

540348

 

 

32

4

0.75

100949_at

FAM20C

**

1,2,2,1

NM_020223

534672

 

33

(70)

22

96591_at

RELN

 

1,2,1,1

NM_005045

281450

BTA 4

34

 

26

97964_at

FKBP11

 

1,2,2,1

NM_016594

506043

 

35

 

50

98443_at

LEP

 

1,1,1,2

NM_000230

280836

 

 

36

5

1

160829_at

PHLDA1

 

1,2,1,1

NM_007350

540135

 

 

37

(76)

4

92608_at

CSRP1

 

1,2,1,1

NM_004078

539381

 

 

38

 

7

97442_at

SLC39A8

**

0,1,2,1

NM_022154

540512

 

39

 

16

98063_at

Glycam1

***

1,2,2,1

NM_008134

282430

 

 

40

 

26

92994_at

LALBA

***

0,1,2,1

NM_002289

281894

 

 

41

 

29

95539_at

RAB3IP

 

1,1,2,1

NM_001024647

533284

 

42

 

33

92541_at

MYL1

**

2,1,0,1

NM_079420

281341

BTA 5

 

43

 

33

103002_at

B4GALT1

*

1,1,2,1

NM_001497

614365

 

 

44

 

44

161758_r_at

RBM9

 

1,1,2,1

NM_001031695

514951

 

45

 

49-50

104262_at

PTHLH

 

1,1,2,1

NM_002820

286767

 

 

46

 

57

93866_s_at

MGP

 

1,1,1,2

NM_000900

282660

 

 

47

 

60

95661_at

CD9

*

1,2,1,1

NM_001769

280746

 

 

48

 

69

97811_at

ARFGAP3

**

1,1,2,1

NM_014570

532778

 

49

 

75

93207_at

ACR

 

1,1,2,1

NM_001097

280711

 

 

50

6

0.02

100463_at

Csng

***

0,1,2,1

NM_007785

282209

 

51

(70)

0.02

98814_at

Csnd

***

1,1,2,1

NM_009973

282209

 

 

52

 

2-5

102774_at

EGF

 

1,1,2,1

NM_001963

5189485

 

53

 

3

104343_f_at

PLA2G12A

 

1,2,2,1

NM_030821

527214

BTA 6

 

54

 

15

93626_at

ABCG2

***

1,1,2,1

NM_004827

505219

 

55

 

22

98994_at

Slc34a2

***

1,2,2,1

NM_006424

282484

 

 

56

 

39

160549_at

TPARL

**

1,1,2,1

NM_018475

532600

 

57

 

45

99065_at

Csnk

***

0,1,2,1

NM_005212

281728

 

 

58

7

11

102343_at

CD320

 

1,2,2,1

NM_016579

505043

 

59

(69)

15

96318_at1

C19orf10

 

1,2,2,1

NM_019107

407769

 

60

 

16

94753_at

GNA15

 

1,1,2,1

NM_002068

5320295

BTA 7

61

 

58-63

103891_i_at

ELL2

**

1,1,2,1

NM_012081

5275295

 

62

8

4

93351_at

HPGD

 

1,1,1,2

NM_000860

512259

 

63

(62)

7-8

161294_f_at

CLU

*

0,1,2,1

NM_001831

280750

 

 

64

 

14

98589_at

ADFP

***

0,1,2,1

NM_001122

2809815

BTA 8

65

 

17-18

94319_at

RAB18

 

1,1,2,1

NM_021252

511160

 

 

66

 

19

95603_at

GLDC

***

1,1,2,1

NM_000170

507688

 

 

67

 

33

104147_at

NANS

 

1,2,2,1

NM_018946

540602

 

 

68

9

12

93843_at

DHRS1

 

1,1,2,1

NM_138452

528832

 

 

69

(65)

12-15

101446_at

TPD52L1

*

0,1,2,1

NM_001003396

5346295

 

 

70

 

21

104198_at

CDCP1

**

1,2,2,1

NM_022842

540622

BTA 9

71

 

44-45

101973_at

CITED2

 

0,1,2,1

NM_006079

5213785

 

72

 

59

102813_f_at

UBE1DC1

 

1,1,2,1

NM_024818

509292

 

73

10

0.03

94294_at

CCNB2

 

1,2,1,1

NM_004701

281668

 

74

(70)

25

162011_f_at

RHOU

*

0,1,2,1

NM_021205

538143

 

 

75

 

36

101889_s_at

RORA

*

1,1,2,1

NM_002943

535597

BTA 10

76

 

53

98473_at

ARG2

**

1,1,2,1

NM_001172

518752

 

77

 

60

103581_at

ACOT2

 

1,2,1,1

NM_006821

511033

 

78

11

49-12

97950_at

XDH

***

0,1,2,1

NM_000379

2809605

 

 

79

(87)

24

97451_at

MCFD2

 

1,1,2,1

NM_139279

507787

 

80

 

30

93195_at

MFHAS1

 

0,1,2,1

NM_004225

527341

 

 

81

 

41

100943_at

SLC1A4

*

0,1,2,1

NM_003038

326577

 

 

82

 

42

92882_at

RAB1A

 

1,1,2,1

NM_004161

540685

BTA 11

83

 

54

162404_i_at

MGC16372

 

1,1,2,1

NM_145038

509524

 

 

84

 

69

96144_at

ID4

 

1,2,1,1

NM_001546

505025

 

 

85

 

72

101665_at

NR5A1

 

1,1,2,1

NM_004959

281948

 

86

 

77

160564_at

LCN2

***

0,1,2,1

NM_005564

526639

 

 

87

 

77

96709_at

C9orf16

 

1,1,2,1

NM_024112

616015

 

 

88

 

78

100054_s_at

C9orf114

 

0,1,2,1

NM_016390

327707

 

 

89

 

80

95505_at

TOR1B

 

1,1,2,1

NM_014506

533928

 

90

 

83

99939_at

CEL

***

0,1,2,1

NM_001807

280748

 

 

91

12

4

93416_at

TNFSF11

 

1,2,1,1

NM_003701

513836

 

92

(49)

12

94931_at

UFM1

 

1,1,2,1

NM_016617

530547

 

93

 

19-20

102571_at

GJB6

***

1,2,1,1

NM_006783

508454

BTA 12

94

 

20

98423_at

GJB2

***

1,2,1,1

NM_004004

508454

 

95

 

40-46

160608_at

RAB20

 

1,2,2,1

NM_017817

6157605

 

 

96

13

28

160921_at

ACSS1

*

1,2,2,1

NM_032501

282873

 

97

(63)

40

92275_at

TFAP2C

 

1,2,1,1

NM_003222

511317

 

 

98

 

41

103343_at

5430432M24

*

1,2,2,1

NM_146127

540118

BTA 13

99

 

55

161650_at

SLPI

 

1,1,1,2

NM_003064

616016

 

100

14

2

97525_at

GK

 

1,2,2,1

NM_000167

538702

 

 

101

(51)

3

96596_at

NDRG1

*

0,1,2,1

NM_006096

504499

 

 

102

 

3

96201_at

GPR172B

 

1,1,2,1

NM_017986

527884

 

103

 

3

97789_at

FOXH1

 

1,1,2,1

NM_003923

493733

BTA 14

 

104

 

19-21

98956_at1

TRAM1

 

1,1,2,1

NM_014294

2815465

 

105

 

36-37

101002_at

AZIN1

 

1,1,2,1

NM_015878

532835

 

 

106

 

42

160702_at

RBM35A

 

1,2,2,1

NM_017697

538640

 

 

107

 

46

92642_at

CA2

 

1,2,1,1

NM_000067

280740

 

108

15

1

95339_r_at

MMP12

 

1,1,1,2

NM_002426

526981

 

 

109

(54)

9

93541_at

TAGLN

 

1,2,1,1

NM_001001522

513463

 

 

110

 

14

94827_at

FXYD2

 

1,1,1,2

NM_021603

281773

 

 

111

 

22

102197_at

NUCB2

***

1,1,2,1

NM_005013

509003

 

 

112

 

26

161600_r_at

SH2BP1

 

1,1,2,1

NM_014633

534265

 

 

113

 

29

93785_at

FOLR1

***

0,1,2,1

NM_016725

516067

BTA 15

 

114

 

31

101869_s_at

HBB

 

1,2,2,1

NM_000518

280813

 

 

115

 

33

96735_at

STARD10

 

1,2,2,1

NM_006645

514624

 

 

116

 

40

161888_r_at

COMMD9

*

1,1,2,1

NM_014186

510280

 

117

 

46

99584_at

CD82(Kai1)

*

1,1,2,1

NM_001024844

506713

 

 

118

16

1

93479_at

MFSD4

*

0,1,2,1

NM_181644

515128

 

 

119

(57)

3

99926_at

PIGR

***

0,1,2,1

NM_002644

281401

 

120

 

17

160339_at

PYCR2

 

1,1,2,1

NM_013328

5049875

 

 

121

 

22

100028_r_at

PEX14

 

1,1,2,1

NM_004565

507393

 

 

122

 

41

96603_at

QSCN6

*

1,1,2,1

NM_002826

NW_929089

BTA 16

123

 

48

104114_at

EDEM3

 

1,2,2,1

NM_025191

535395

 

 

124

 

50

161188_f_at

LAMB3

**

1,2,1,1

NM_000228

529939

 

125

 

50

97531_at

G0s2

***

1,2,2,1

NM_015714

507436

 

 

126

17 (46)

42

93736_at

TCN2

 

1,1,2,1

NM_000355

281518

BTA 17

127

18

13

104221_at

SLC7A5

*

1,2,2,1

NM_003486

282369

 

 

128

(57)

14

161474_r_at

DPEP3

 

0,1,2,1

NM_022357

618258

 

 

129

 

25

99409_at

SLC6A2

 

1,1,2,1

NM_001043

282363

 

130

 

36

98485_at

RHPN2

**

1,2,2,1

NM_033103

533687

 

 

131

 

41

104255_at

FHOD3

 

1,1,1,2

NM_025135

505697

 

 

132

 

41

103846_at

LGALS7

 

1,2,1,1

NM_002307

505697

 

 

133

 

43-45

162286_r_at

FCGBP

 

1,1,1,2

NM_003890

5343485

BTA 18

 

134

 

45

101453_at

MIA

 

1,2,1,1

NM_006533

280857

 

135

 

45

102805_at

CEACAM1

***

1,2,2,1

NM_001712

404118

 

 

136

 

45

161825_f_a

CEACAM21

**

0,1,2,1

NM_033543

404118

 

 

137

 

49

95336_at

HIF3A

 

1,1,2,1

NM_152795

507699

 

138

 

50

95722_at

GLRX

 

1,1,2,1

NM_002064

515416

 

 

139

 

55-56

100325_at

LILRA2

*

1,1,1,2

NM_006866

5335895

 

 

140

19

0.01

101618_r_at

TP53

 

1,1,2,1

NM_000546

281542

 

 

141

(56)

13

160546_at

ALDOC

 

0,1,2,1

NM_005165

504584

 

 

142

 

14

96344_at

ENO3

 

2,1,0,1

NM_001976

540303

 

 

143

 

14

161947_f_at

ALOX12P2

 

1,2,1,1

XR_000632

282139

 

 

144

 

20

161408_r_at

DVL2

 

1,1,2,1

NM_004422

614312</